申诉处理程序由提出申诉、资格审查、复查核实、作出申诉处理决定和申诉处理决定的生效等五个环节组成，依次进行。
一、学生对学校处分（处理）决定有异议的，可在学校处分（处理）决定书送达之日起10日内，向学校学生申诉处理委员会办公室提出书面申诉。
申诉书应写明申诉人的基本情况（姓名、学号、班级及其它相关内容）、申诉事实、理由、要求、申诉人的联系方式、签名（或盖章）及提交申诉书的日期等内容，并附上处分（处理）决定的复印件、以及相关证据等材料。
申诉人委托他人代为提交申诉书或委托他人代为进行申诉的，还应出具由申诉人签名（或盖章）的委托书。申诉书中应同时写明受委托人的基本情况、联系方式及签名（或盖章）。
二、学生申诉处理委员会对受理的申诉案，应在学生申诉处理委员会办公室接到书面申诉之日起15日内，完成资格审查、复查核实、作出申诉处理决定并送达申诉人。因特殊情况需要延长的经学校负责人批准后通知申诉人，延长时间不得超过15日，延长以一次为限。
学生申诉处理委员会认为有必要的，可以建议学校暂缓执行处分（处理）决定。
三、学生申诉处理委员会办公室对申诉人或其委托人提交的申诉书进行资格审查，提交学生申诉处理委员会决定是否受理。
对在申诉时限内且符合下列条件之一的申诉，学生申诉处理委员会应予以受理并立即开展工作：
（一）申诉人认为原处分（处理）决定适用规定错误的；
（二）申诉人认为原处分（处理）决定程序不符合规定的；
（三）申诉人认为原处分（处理）决定依据的事实不清、证据不足或有新的证据证明与事实不符的；
（四）有证据证明作出处分（处理）决定的部门或个人有徇私枉法行为的。
对符合下列条件之一的申诉，学生申诉处理委员会应向申诉人做出不予受理的书面答复，并登记备案：
（一）超过申诉期限的；
（二）自动撤回申诉后又提起申诉的；
（三）接到申诉处理决定后，就同一事实和理由再次提起申诉的；
（四）已就申诉事项向学校上级行政主管部门提出申诉、行政复议或提起诉讼并被受理的。
四、学生申诉处理委员会召集学生申诉处理委员会委员对受理的申诉案进行全面的复查核实。
参与复查工作的委员人数为9—15人（不少于学生申诉处理委员会委员人数的2/3）,由申诉处理委员会主任选定,其中应有教师和学生委员，复查工作方能开展。复查工作的委员确定后，应当告知申诉人，申诉人可以对复查工作的委员提出回避申请,由申诉处理委员会主任决定该委员是否回避。主任的回避，由申诉处理委员会集体决定。
复查工作以书面审查和走访调查为主要形式进行。学生申诉处理委员会认为有必要，可以召集申诉人（或其委托人）、被申诉人及证人等就有关问题当场进行陈述和申辩。
五、学生申诉处理决定的作出。学生申诉处理委员会依据复查核实情况，实行少数服从多数的原则,以无记名投票方式进行表决，形成学生申诉处理结论，经校长办公会研究，做出学生申诉处理决定。
(一)认为做出处分（处理）的事实清楚、依据明确、定性准确、程序正当、处分（处理）适当的，予以维持；
(二) 认定事实不存在，或者相关部门超越权限、违反上位法规定的，予以撤销；
(三) 认定事实清楚，但认定情节有误、定性不准确、处理不当，或者适用依据有错误的，予以变更或者重新做出决定；
(四) 认定事实不清、证据不足，或者违反学校规定程序的，予以变更或者重新做出决定。
六、学生申诉处理决定的生效。学生申诉处理决定书一经送达，即刻生效。学生申诉处理委员会将学生申诉处理决定书送达申诉人（或其委托人）和被申诉人，并由其本人在送达回证上签收。如本人对申诉处理决定有不同意见，可如实在送达回证上写明；如本人拒绝签收的，则以留置方式送达；如本人已离校的，可采取邮寄方式送达；如本人难于联系的，则以公告送达。
学生申诉处理决定书制作3份，由申诉人（或其委托人）、被申诉人和学生申诉处理委员会各执1份。
对于变更或撤销原处分（处理）决定的，由校长办公会责成原处分（处理）决定部门重新研究，并于申诉审查结束后15日内重新作出处分（处理）决定。
七、学生申诉处理决定书应明确告知申诉人（或其委托人）若对学生申诉处理委员会的复查决定有异议的，在接到学生申诉处理决定书之日起15日内，可以向重庆市教育委员会提出书面申诉。
八、在学生申诉期间，学校原处分（处理）决定继续有效。受退学处理、开除学籍处分的学生在提起申诉期间，学校可允许其暂缓办理离校手续，其修课、成绩考核按照在校生办理。
受退学处理、开除学籍处分的学生在提起申诉期间继续留在学校，但可能对他人造成人身伤害或者干扰学校教育教学秩序的，学校有权要求学生暂时离校。
